Поселение Гальбштадт (нем. Halbstadt — полугород) было основано в 1803 году на границе Мелитопольского и Бердянского уездов Таврической губернии немецкими колонистами-меннонитами.
После начала Первой мировой войны в 1915 году Гальбштадт был переименован в Молочанск.
В 1938 году Молочанск получил статус город.